หนังสือ

• ความรุนแรงกับการจัดการ "ความจริง" : ปัตตานีในรอบกึ่งศตวรรษ, สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์, ISBN : 9789749900390, มกราคม 2551 (ผลงานวิจัยดีเด่นประจำปี 2549 สำนักงานกองทุนสนับสนุนงานวิจัย (สกว.))
• งบประมาณทหารไทย 2525-2534 :วิสัยทัศน์และความคิดเชิงนโยบาย, โครงการจัดพิมพ์คบไฟ, ISBN :9747667169, 2539

เรื่องแปล

• ขุมทรัพย์ที่ปลายฝัน จาก The Alchemist ของ เปาโล โคเอลโย, โครงการจัดพิมพ์คบไฟ, เมษายน 2542

บทความวิชาการ

• อาวุธมีชีวิต? แนวคิดเชิงวิพากษ์ว่าด้วยความรุนแรง, สำนักพิมพ์ฟ้าเดียวกัน, พฤษภาคม 2546
• อารยะขัดขืน, สำนักพิมพ์มูลนิธิโกมลคีมทอง, ตุลาคม 2549

รวมบทความทั่วไป

• การเมืองมนุษย์, สำนักพิมพ์ดอกหญ้า
• ราวกับมีคำตอบ, สำนักพิมพ์สารคดี, มิถุนายน 2547 (ฉบับที่พิมพ์โดยสำนักพิมพ์สารคดีผ่านการจัดเรียงตอนใหม่โดยผู้เขียนและได้ตัดบทความที่ผู้เขียนเห็นว่าพ้นสมัยออก)
• มีกรอบไม่มีเส้น, สำนักพิมพ์ดอกหญ้า, 2538
• ถึงเว้นไม่เห็นวรรค, สำนักพิมพ์สารคดี, มีนาคม 2547

คำวิพากษ์วิจารณ์

สมศักดิ์ เจียมธีรสกุล เคยวิจารณ์ ชัยวัฒน์ว่า "ดัดจริต" ไม่มีความซื่อตรงต่อตัวเอง ทั่งๆที่ตลอดมาเป็นผู้ชูแนวทางสันติวิธีมาโดยตลอด แต่กลับไม่กล้าแสดงความกล้าต่อกรณี รัฐประหาร 19 กันยา 2549 ซึ่งชัดเจดว่าผิดกฎหมาย และขัดต่อแนวทางของเขา และเขามักนำคำพูดของเหล่าปราชญ์กรีกมาพูด เช่นโสกราตีส เพื่อยกระดับตัวเองให้ดูดีทางจริยธรรม